Juan se ordena de diácono el 5 de abril de 1862, mientras cursa su último año en el Seminario y el 14 de julio ingresa con los Misioneros de La Salette.

El 20 de septiembre de 1862 se ordena de sacerdote en la Capilla del Obispado de Grenoble, días después de haber comenzado el noviciado.

Tiempo después enferma gravemente y debe empezar un un prolongado período de reposo.
A pesar de todo, no se queda totalmente inactivo, sino que comienza a escribir.

Queda un tiempo prolongado en una pequeña Parróquia de 400 habitantes, hasta su definitivo restablecimiento. Allí pone de manifiesto su profundo espíritu misionero y su amor hacia los pobres, características que no abandona durante toda su vida. Finalmente regresa a La Salette y el 8 de septiembrede 1865 hace su primera profesión religiosa con los Misioneros de La Salette.